バイオインフォマティクス編 『【バイオインフォ編】C言語の老兵、Pythonの海へ。がんという「最凶のマルウェア」をデバッグする新たな武器』
みなさん、こんにちは。64歳のプログラマーです。これまで私は、DNAの仕組みを「ソースコード」に、ゲノム編集を「sed置換コマンド」に例えて、生命OSの仕組みをハックしてきました。現在、私が目指す「がん研究の実験室」への切符を手にするため、...
バイオインフォマティクス編 
バイオインフォマティクス編 『【バイオインフォ編】第3回：生命の未来を予測せよ！データサイエンスとAIが挑む「究極のオブジェクト解析」』
みなさん、こんにちは。64歳のプログラマーです。第1回ではゲノムのデバッグ（変異検出）を、第2回ではそれを自動化する最強のCI/CDパイプライン（Nextflow）をご紹介してきました。最終回となる今回は、集まった膨大なデータから「未来を予...
バイオインフォマティクス編 『【バイオインフォ編】第2回：ゲノム解析の自動化は、生命データをビルドする「最強のCI/CDパイプライン」だった』
みなさん、こんにちは。64歳のプログラマーです。前回は、がんゲノム解析が「30億文字のログから1文字のバグを探すデバッグ作業」であることをお話ししました。数GB〜数百GBの巨大なログファイルを、マッピングして、バイナリに変換して、バグを検出...
バイオインフォマティクス編 『【バイオインフォ編】がんゲノム解析は、30億行のログから「たった1文字のバグ」を探す地獄のデバッグ作業』
みなさん、こんにちは。64歳のプログラマーです。前回までは、DNAの仕組みやゲノム編集を「ソースコードの書き換え」に例えて解説してきました。今回からは番外編として、私が今まさに猛勉強している「バイオインフォマティクス（生物情報科学）」の世界...
バイオ・がん研究 『【10章ハック】ゲノム編集（CRISPR-Cas9）は生命OSの「sed置換コマンド」。本番環境のバグを動的に書き換える究極のデバッガ』
みなさん、こんにちは。64歳のプログラマーです。前回は、DNAを一瞬で10億倍に増幅するPCR法を「倍々ゲームで回る指数関数的なforループ」に例えて解説しました。第10章ハックの締めくくりとなる今回は、ノーベル賞にも輝いた現代バイオテクノ...
バイオ・がん研究 『【10章ハック】PCR法は、生命コードを一瞬で大量コピーする「無限forループ」。配列スライスとインデックス指定の妙技』
みなさん、こんにちは。64歳のプログラマーです。前回は、制限酵素とリガーゼを「String.replace()」によるコードの切り貼りに例えて解説しました。第10章ハックの第2回となる今回は、わずか一滴の検体から目的のDNAだけを数億倍に増...
バイオ・がん研究 『【10章ハック】制限酵素とリガーゼは、ゲノムコードの「String.replace()」。外部プラグインを組み込む生命の文字列操作術』
みなさん、こんにちは。64歳のプログラマーです。前回までは、生命OSのバージョンアップの歴史（ゲノムの進化）を git diff などに例えてデバッグしてきました。今回からは、いよいよ第10章「DNAテクノロジー」へと突入します！これまでは...
バイオ・がん研究 『【9章ハック】ゲノム比較は「git diff」。ヒトと他生物の差分突合から見えた、生命OSのコアシステム』
みなさん、こんにちは。64歳のプログラマーです。前回は、遺伝子重複を「クラスのコピペによる安全な機能拡張」に例えて解説しました。第9章ハックの最終回となる今回は、異なる生物のゲノム配列を比較する技術を、エンジニアにお馴染みのソースコード差分...
バイオ・がん研究 『【9章ハック】遺伝子重複は「クラスのコピペで別名保存」。本番環境を壊さずに新機能を開発する生命のチート技』
みなさん、こんにちは。64歳のプログラマーです。前回は、突然変異を「深夜の野良コミット」、自然淘汰を「本番環境のユーザー評価」に例えて、生命OSのアップデートがいかにシビアかをお話ししました。第9章ハックの第2回となる今回は、生命が既存の優...
バイオ・がん研究 『【9章ハック】突然変異は「深夜の野良コミット」。自然淘汰という名の過酷な本番デプロイを生き抜く生命OS』
みなさん、こんにちは。64歳のプログラマーです。前回までの第8章では、生命OSが敷く鉄壁のアクセス制御や「const（定数化）」による細胞の記憶についてデバッグしてきました。今回からは、いよいよ新しいステージ、第9章「遺伝子とゲノムの進化」...