バイオ・がん研究

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『【8章ハック】一度決めたら書き換え禁止!生命OSが敷く「グローバル定数化(const)」と細胞の記憶』

みなさん、こんにちは。64歳のプログラマーです。前回は、大腸菌の結合スイッチを「If-Else構文」に見立てて、環境に応じたコードの実行切り替えをデバッグしました。第8章ハックの締めくくりとなる今回は、多細胞生物の根幹を支える「細胞の記憶(...
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『【8章ハック】環境検知で動く生命OSの「If-Else構文」。大腸菌に学ぶ、最も美しいリソース最適化アルゴリズム』

みなさん、こんにちは。64歳のプログラマーです。前回は、すべての細胞が同じAdmin権限(すべてのDNA)を持ちながら、なぜバグらないのかというアクセス制御のお話をしました。今回は同じ第8章から、生命が環境の変化に応じてコードの実行スイッチ...
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『【8章ハック】全細胞がAdmin権限を持つ危険性。生命OSが敷く「アクセス制御とセキュリティ仕様」』

みなさん、こんにちは。64歳のプログラマーです。前回までで、DNAというソースコードから、リボソームという仮想マシンを使ってタンパク質(アプリケーション)を「翻訳・実行」する第7章のお話を終えました。ここから、新しいステージである「第8章:...
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『【7章ハック】4進数からアミノ酸へのキャスト。生命OSの文字コード「コドン表」と、リボソームという名の実行エンジン』

みなさん、こんにちは。64歳のプログラマーです。前回、私の40年のITキャリアをバイオの武器へリファクタリングした「NAISTへの挑戦状」には、たくさんの熱い反響をいただきありがとうございました。有言実行。今回から再び、ガチガチの教科書ハッ...
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『【NAISTへの挑戦状】40年のC言語スキルを「がんゲノム解析」にコンバートする。私の職務経歴書をバイオ用にリファクタリングしてみた』

みなさん、こんにちは。64歳のプログラマーです。9月に開催されるNAIST(奈良先端大)のオンライン学生募集説明会を控え、受験に向けて避けて通れない大きな壁があります。それが、出願時に提出する「小論文(研究計画書)」の存在です。試験官である...
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『【決意表明】40年プログラマーを続けた64歳が、大学院で「がんゲノム」に挑むと決めた理由』

みなさん、こんにちは。64歳のプログラマーです。当ブログでは、日々『エッセンシャル細胞生物学』をプログラマーの視点でデバッグ(考察)する記事を投稿しています。おかげさまで、DNAの複製や修復の仕組みを、メモリマップやCI/CDパイプラインに...
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『【バグ報告】生命というOSで見つかった、仕様外の面白バグ(奇妙な生物たち)2選』

みなさん、こんにちは。64歳のプログラマーです。普段は『エッセンシャル細胞生物学』のソースコード(DNA)を真面目にデバッグしている当ブログですが、今回はちょっと一息。コーヒーでも飲みながら読める息抜きコラムをお届けします。何億年ものデバッ...
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『【7章ハック】DNAからRNAへ。生命がコードをデプロイする前の「ビルドと不要コード削除(スプライシング)」』

みなさん、こんにちは。64歳のプログラマーです。前回までで、DNAという「マスターデータ」を完璧に複製・修復する保守管理(第6章)の話を終え、いよいよ第7章「転写と翻訳」へと突入しました。どれほど厳重に守り抜いたソースコード(DNA)も、実...
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『【6章ハック】紫外線は「物理的な回線断線」。データ破損に執念で立ち向かう生命の例外処理(Try-Catch)』

みなさん、こんにちは。64歳のプログラマーです。第6章「DNAの複製と修復」のハックも、いよいよ今回が最終章です。前回までは、データをコピーする際に起きる「内生的なタイポ(複製エラー)」を防ぐCI/CDパイプラインの話をしました。しかし、シ...
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『【6章ハック】エラー率「10億分の1」の衝撃。生命が誇る究極の自動CI/CDパイプラインとリアルタイムLinter』

みなさん、こんにちは。64歳のプログラマーです。前回は、DNAポリメラーゼという書き込み重機が、一方向にしか進めないという「仕様のバグ」を泥臭い細切れ処理(岡崎フラグメント)で解決しているお話をしました。毎秒何千文字という超高速でそんな細切...