バイオ・がん研究 『画面を飛び出して、生き物に向き合う。私が「IT」ではなく「実験医学」に命を賭けたい理由』
みなさん、こんにちは。64歳のプログラマーです。前回は、Pythonを使って巨大なゲノムデータ（FASTQ形式）を読み込む実践編をお届けしました。行末のセミコロンをうっかり打ってしまうC言語の癖と戦いながらも、無事にデータが画面に流れたとき...
バイオ・がん研究
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バイオ・がん研究 『C言語の癖が抜けない！64歳プログラマー、初めてPythonでゲノムデータを動かして大苦戦』
みなさん、こんにちは。64歳のプログラマーです。前回、愛読書の『エッセンシャル細胞生物学』を片手に、「人間の身体は究極のコンピュータシステムだ！」と大興奮したお話をしました。今回は予告通り、いよいよ実践編。パソコンに向かい、Pythonを使...
バイオ・がん研究 『愛読書は「エッセンシャル細胞生物学」！プログラマーが読むと、人間の身体は「究極のコンピュータ」だった』
みなさん、こんにちは。64歳のプログラマーです。大学院の医科学研究室を目指すと決めてから、私は一冊の分厚い教科書を手に入れました。バイオの世界では知らない人はいない名著、『エッセンシャル細胞生物学』です。何しろ私はバイオ未履修のプログラマー...
バイオ・がん研究 『遺伝子の「diff」を取る！がん研究の正体は、究極のバグ探し（デバッグ）だった』
みなさん、こんにちは。64歳のプログラマーです。前回、ゲノム解析の生データは、数億行にも及ぶ「A、T、C、G」の巨大なテキストファイル（FASTQ形式）だとお話ししました。今回は、この途方もない文字の羅列から、どうやって「がんの原因」を見つ...
バイオ・がん研究 『数億行の「A、T、C、G」！ゲノムデータの正体と、C言語プログラマーの血が騒いだ話』
みなさん、こんにちは。64歳のプログラマーです。前回、がん研究の夢を叶えるためにPythonの勉強を始めたとお話ししました。今回は、ゲノム解析の現場で実際に使われている「生のデータ」について調べて驚いたことを共有します。がん研究のデータとい...
バイオ・がん研究 『ポインタがない！？C言語プログラマーがPythonのコードを初めて見た日』
みなさん、こんにちは。64歳のプログラマーです。前回、これからの最先端がん研究には「Python」と「ゲノム解析」が必要だと書きました。今回は、私が実際にPythonの勉強を始めてみて感じた、率直な驚きをお話しします。長年、C言語という「堅...
バイオ・がん研究 『年金10万円と、私を門前払いしたバイオ業界のリアル』
みなさん、こんにちは。64歳のプログラマーです。前回、小学生のころの夢だった「がん研究」に挑む決意を書きましたが、実はこのブログを開設する前、私はハローワークやネットで必死にバイオ関係の求人を探していました。しかし、現実は甘くありませんでし...
バイオ・がん研究 『なぜC言語の私が「Python」と「ゲノム解析」に挑むのか』
現在、私は、某メーカーでC言語の初級プログラマーとして派遣で働いています。がん研究というと、顕微鏡を覗いたり、試験管を振ったりするイメージがあるかもしれません。しかし、いま最先端のがん研究の現場で最も求められているのは、実は「ITの力」です...
バイオ・がん研究 『私が64歳で、がん研究の夢を追い始めた理由』
小学生のころ、私はなぜか医者という仕事に強い興味を持っていました。人の命を救う姿に憧れ、そのうち「人類の最大の敵である、不治の病『がん』を解決する研究がしたい」と激しく思うようになったのです。その後、人生の波の中で私はITの世界へ進み、C言...